密室逃脱13秘密任务玩家需要扮演秘密特工潜入邪恶组织的核武器仓库，通过收集线索、解开机关来完成任务并逃离密室。玩家需玩家需要仔细观察场景中的每一个细节，包括墙上的画像、书籍、家具等，这些都可能隐藏着重要线索。道具的获取和使用是通关的关键，例如手电筒、钥匙、锁、刀、绳索等工具需要巧妙组合才能发挥作用。部分道具需要通过解谜获得，比如在火车站场景中，玩家需用钳子调整门上的钉子和板子，获取藤杖头后与手杖把手组合成完整手杖。游戏还设计了需要特定顺序触发的机关，如拉动绳子时需要根据颜色标记或数字提示按正确顺序操作。
游戏中的谜题类型多样，包括物品寻找、密码破译、机械操作等。在剧场房顶场景中，玩家需收集猫头鹰标志碎片并组装双目镜，通过观察找到暗门密码。留声机谜题则需要玩家翻转设备、调整转盘位置并播放唱片才能开启集团宝库。部分谜题需要多步骤操作，如在黑暗之城章节，玩家需先用磁铁获取剪刀，再用飞行仪器到达小平台完成拼图获取螺旋钉。游戏还包含需要化学配方的谜题，如根据色料水果制作颜料来填充彩色玻璃墙。
玩家需要通过解谜解锁新区域，如用重十字弓射击对面市场入口，或使用闪光灯和蜡烛击败女仆进入教堂。部分场景包含隐藏区域，如避难所中需要权杖压住暗门斧头才能进入。游戏还设计了实时变化的环境要素，如喷泉中心需用盾牌堵住才能开辟新路径。这些设计增强了探索的连贯性和沉浸感。
游戏难度控制较为合理，初期关卡如第一关的靶子射击和钥匙获取较为简单，后期则需综合运用多种解谜技巧。遇到困难时，玩家可通过反复尝试、重新组合道具或从多角度分析线索来突破瓶颈。游戏中的时间限制增加了紧张感，但不会过度影响解谜体验。
