追踪NERO是推动剧情发展的重要环节，玩家需要找到NERO营地并完成一系列探索和解谜任务。NERO营地通常分为检查哨、坠机地点和山洞营地三种类型，其中检查哨是获取枪械的主要地点。进入检查哨需要先找到发电机，通常发电机是绿色带两个轮子的柴油发电机，启动前需要先加油。加油壶的位置每个营地都不同，需要仔细搜索。加满油后，需要拆除营地内的所有喇叭，房顶的喇叭可以用匕首割掉，其他喇叭可以顺着发电机的电线寻找。完成这些步骤后启动发电机，可能会遇到短路需要修理，修理后即可开启NERO检查哨的大门。
进入洞穴类NERO研究区时，建议选择夜晚前往，因为白天洞穴内的异变者数量较多且活跃。洞穴内通常有突奔种野狼，这些敌人攻击高、动作快，需要谨慎应对。建议利用耳听八方技能判断敌人位置，提前绕后击杀。洞穴深处会有一个白色箱子，里面装有NERO注射器，这是提升角色能力的关键道具。部分研究区位于岛屿或悬崖上，需要先升级机车的氮气和发动机性能，利用机车跳跃到达。火山口湖区域的一个研究区就需要驾驶机车跳过断崖才能进入，机车性能不足时建议优先在洛斯特湖或钻石湖营地升级。
追踪NERO的剧情线索需要在地图上找到特殊标记，这些标记代表了NERO可能出现的位置。接近标记位置后可以找到更多线索，例如带有NERO标志的小型器械。操作这些器械需要耐心，成功后可以触发NERO的剧情。追踪过程中建议使用双筒望远镜观察远处目标，同时保持隐蔽行动，避免触发NERO的防御机制。部分NERO情报隐藏在穿着黄色防护服的尸体旁或卡车附近，需要穿过报废汽车等障碍才能发现。收集这些情报有助于理解NERO组织的背景和研究目的。
完成所有NERO相关任务后，游戏会解锁隐藏结局。隐藏结局的触发需要完成欧布莱恩的所有任务，包括跟踪直升机的研究员任务。这些任务通常需要全程潜行，用望远镜标记敌人并用石头引开守卫。偷听研究员对话可以获取关键信息，例如异变者的活动规律。隐藏结局会进一步揭示NERO组织的秘密，为整个故事画上句号。需游戏中有两个临时封锁区域（洛斯特湖和火山口湖），在主线剧情结束后才会开放，因此部分NERO任务可能需要通关后才能完成。
