入侵任务的开启完全依赖于游戏内的星图导航系统。玩家在需要首先来到飞船并打开星图导航界面，随后在导航界面的右上角可以找到一个以拳头图标表示的入侵任务选项，点击该图标即可进入入侵任务面板。在这个面板中，系统会列出当前所有可供玩家参与的入侵任务，玩家只需从中选择自己想要完成的目标任务，即可成功开启并加入该入侵任务。
入侵任务本质上是游戏中太阳系两大主要势力，即科普斯商会与克隆尼帝国之间爆发的冲突，它们会雇佣天诺战士为其作战，有时其中一方也会雇佣天诺来对抗共同的敌人疫变感染体。在任务开始后，系统会要求玩家选择支持其中一方阵营，玩家的每次选择都会影响全局任务的进度条。这里有一个核心机制需要注意：玩家必须连续支持同一阵营达到三次，才能最终获得该阵营提供的奖励。如果中途更换了所支持的阵营，那么支持次数需要重新累积计算，例如在支持某阵营两次后转投另一方，则需要为新的阵营完成总计六次支持才能领取奖励。
关于任务奖励的发放，它并非在单次任务完成后立刻给予。入侵任务的奖励只有在整个冲突事件结束时才会统一结算并通过邮件形式发送给玩家，并且只有玩家所支持的一方最终获胜，玩家才能获得其承诺的奖励。游戏中还存在一种临时的入侵任务，其触发机制与常规入侵任务不同，它无法通过星图导航主动开启。临时入侵任务会在玩家进行平原探索时随机出现，由NPC发布紧急指令，其持续时间较长且奖励较为丰厚，但完全依赖于概率触发，与星图导航中的常规入侵任务属于两个并行的独立系统。
