潜艇以其隐蔽性和突然性，构成了对军舰最致命的威胁之一，它们常潜伏于航线暗处发起精确的鱼雷攻击，令大型舰船防不胜防。指挥官必须时刻保持警惕，并采取高速航行与频繁变向的机动策略来干扰潜艇的瞄准，降低被锁定的概率，任何航线的僵化与速度的恒定都可能招致灭顶之灾。
除了水下威胁，来自陆地的坚固防线同样是舰队的巨大障碍。海军普遍畏惧部署在海岸线上的岸防炮与火箭炮阵地，这些固定防御工事拥有远超一般舰炮的射程与极高的伤害。在没有己方军官有效指挥加成的情况下，舰队强行靠近敌方海岸进行炮击或登陆，极易暴露在岸防火力的密集覆盖下，遭受重创。成功的两栖作战离不开对敌方岸防体系的充分侦察与有效压制。
来自空中的打击是舰船必须面对的第三重核心威胁。对船只能够造成最高伤害的作战单位，往往集中在空军序列之中。无论是能够进行俯冲轰炸的舰载机，还是从陆地机场起飞的远程轰炸机，都能对缺乏防空掩护的舰队构成毁灭性打击。这使得舰队在行动时，必须将制空权的争夺或己方空中掩护力量的配置置于优先考虑的地位，缺乏防空火力的舰队在高威胁空域无异于移动的标靶。
在战术层面，舰船还惧怕情报的缺失与僵化的指挥。海军作战本质上是系统性的消耗与对抗，军官指挥能力的强弱与舰队规模的大小，每一点细微的差距都可能影响战局走向。这意味着，盲目的兵力投入、对战场局势的错误判断以及指挥链条的混乱，其危害不亚于面对一种强大的特定兵种。成功的海军指挥官需要建立起高效的侦察网络，并依据实时情报灵活调整舰队部署与作战方案。
