舰长是玩家战斗与资源管理的重要伙伴，分为精英、英雄、史诗和传奇四个品质等级。获取舰长的核心方式是使用中级合同书和高级合同书，前者可通过游戏内货币如物联点（紫币）、奖励点（绿币）或铱金（红币）兑换，后者主要通过铱金购买或完成特定任务（如故事任务代号M）免费获得。舰长品质直接影响其初始属性、特长领悟能力及可驾驶舰船的科技等级，例如传奇舰长可解锁T3级舰船，而精英和英雄舰长仅支持T1级舰船。
舰长的职业划分为军人、科学家、工程师和探险家，每种职业对应不同的专长领域。军人擅长战斗支援，科学家加速科研项目，工程师优化生产流程，探险家则提升资源采集效率。舰长职业不仅决定其战斗中的职能，还会影响派遣任务的收益。探险家舰长更适合执行矿物采集任务，而军人舰长在战斗援护中表现更优。玩家需根据自身发展需求针对性招募舰长，并通过派遣任务或训练快速提升其等级。
舰长特长的培养是提升其能力的关键。特长分为先天和后天两类，先天特长由舰长品质决定，无法更改但可升级；后天特长可通过舰长升级随机领悟或使用特长芯片学习。R1芯片可能覆盖原有特长，而R3和R5芯片仅用于提升对应特长等级。传奇舰长因初始特长数量多且品质高，后期潜力显著高于低品质舰长，但获取难度较大，需合理规划资源投入。
玩家可通过派遣系统实现舰长的挂机养成。舰长可被设置为援护单位参与战斗，或派遣执行采矿、赏金任务以获取经验与资源。援护设置最多支持三名舰长，系统按优先级顺序调用。需注意舰长派遣的收益与职业相关，例如科学家舰长加速科研的效率远超其他职业。退役低品质舰长可为高品质舰长提供养成素材，形成资源循环。
舰长舰船的解锁与升级需依赖其等级提升。每名舰长拥有三条舰船线，通常为护卫舰、巡洋舰到战列舰的进阶路径，激活更高级舰船需达到特定等级并消耗舰船构件。探险家舰长可能随机获得工业舰路线，而战斗型舰长则专注于战斗舰船。玩家可通过记忆移植体快速提升舰长等级，但需注意其上限受指挥官等级限制。
