教学技能是宝可梦培养的重要环节，主要通过四种方式实现：自然升级、技能机器（TM/HM）、技能教学师和遗传系统。自然升级是最基础的方式，每只宝可梦在特定等级会自动习得预设技能，例如小火龙在16级会掌握龙息。技能机器分为一次性使用的TM和可重复使用的HM，前者如TM28挖洞需击败火箭队成员后取得，后者如HM03冲浪则需完成狩猎公园的捕捉比赛。技能教学师分布在特定地点，例如浅红市PC中心右侧房屋内的钓鱼专家会教授火神蛾专属技能。遗传系统则需要通过繁殖机制，子代可能继承父代的特定技能组合。
秘传技能（HM）具有特殊地位，不仅能用于战斗还能解锁地图交互功能。一字斩（HM01）是推进主线剧情的关键技能，主要用于清除挡路的小树。获取方式有两种：卡那兹市一字斩之家NPC直接领取，或完成圣安奴号船长的支线任务。学习秘传技能需先击败对应道馆馆主获取使用权限，例如冲浪（HM03）要求玩家拥有蓝色徽章。这类技能无法被常规遗忘，必须通过特定NPC才能删除，建议分配给工具宠专门处理地图障碍。每次使用消耗15PP值，野外探索前需确保足够技能点数。
技能回忆机制位于七之岛的第2岛右下角小屋，与技能回忆师对话可找回已遗忘的技能。该服务需要消耗树果作为代价，1个大蘑菇或2个小蘑菇即可完成一次技能回忆。派拉斯或派拉斯特有概率携带这些蘑菇，可通过捕捉或使用小偷技能获取。回忆技能的选项会显示宝可梦曾经掌握的全部技能，包括通过升级、教学或机器学习的招式，但不会包含遗传技能。这项功能在后期队伍调整时尤为重要，能有效优化技能搭配。
战斗技能的选择需要考虑属性克制、威力值和技能效果三重因素。本系技能（与宝可梦属性相同的招式）能获得属性一致加成，威力提升50%。部分技能如破坏光束虽然威力惊人但会导致次回合无法行动，需谨慎使用。技能机器35火焰喷射可在游戏厅以代币兑换，属于火系特攻招式的优质选择。变化类技能如反射盾能暂时提升防御能力，在持久战中效果显著。
特殊技能教学点分布在各个城镇，尼比市可学习力量宝石、爆炸烈焰等强力招式。这些教学技能通常需要完成特定条件或支付费用，例如华蓝市桥上击败五名训练师后，自称火箭队的成员会赠送金珠并触发战斗。部分隐藏教学点如七岛区域，需通关后才能解锁，提供龙之波动等稀有技能的学习机会。
